Ker virus Tomato Brown Rugose Fruit Virus okuži rastline paradižnika in popra po vsem svetu, semenarska podjetja delajo na vzreji odpornega paradižnika.
Bogati genetski in genomski viri so bili rejcem paradižnika na voljo že pred začetkom projektov genomskega sekvenciranja paradižnika. Velike zbirke zarodne plazme paradižnika so že dolgo vzpostavljene na več lokacijah. Več kot 75,000 primerkov paradižnika je ohranjenih v genskih bankah po vsem svetu. Ena največjih je genska banka USDA v Ženevi, NY.
Zaporedje genoma paradižnika se je začelo leta 2005 kot večnacionalno prizadevanje med 14 državami in končalo leta 2012. Ta prizadevanja so se močno pospešila z uporabo umetne inteligence, strojnega učenja in naprednih algoritmov za analizo velikih količin genetskih in fenotipskih podatkov.
Pan-genom paradižnika
Raziskovalci z Inštituta Boyce Thompson so leta 2020 ustvarili visokokakovosten referenčni genom za divje paradižnike, da bi ustvarili popolnejši in uporabnejši pan-genom paradižnika. Odkrili so dele genoma, ki so osnova za okus sadja, velikost in zorenje, odpornost na stres in odpornost na bolezni. Delno zahvaljujoč najsodobnejšim tehnologijam zaporedja, ki lahko preberejo zelo dolge dele DNK, je referenčni genom popolnejši in natančnejši od obstoječe baze podatkov.
Starejše tehnologije zaporedja, ki berejo krajše dele DNK, identificirajo mutacije na ravni ene baze. Vendar pa niso dobri pri iskanju strukturnih različic, kot so vstavitve, delecije, inverzije ali podvajanja velikih kosov DNK.
Leta 2019 je mednarodna skupina raziskovalcev zgradila pan-genom paradižnika z uporabo zaporedij genomov iz 725 filogenetično in geografsko reprezentativnih sort. Ta zbirka podatkov vključuje 4,873 genov, ki jih v izvirnem referenčnem genomu ni mogoče najti. Analiza prisotnih/odsotnih variacij je pokazala znatno izgubo genov in intenzivno negativno selekcijo genov in promotorjev med udomačevanjem in izboljšanjem paradižnika.
Preberite celoten članek na www.seedworld.com.